در سال 1316 ش . هنگام قیام مردم تبریز، به اتفاق پدرش و به دلیل مبارزه، به تهران تبعید شد و پس از چند ماه توقف اجباری در تهران و ری به تبریز بازگشت. در سال 1318 ش . برای ادامه تحصیل به حوزه علمیه قم رفت و از آیات عظام، گلپایگانی، حجت، صدر، بروجردی و امام خمینی درس آموخت . در سال 1328 ش. راهی حوزه علمیه نجف اشرف شد و در درس آیات عظام، حکیم، عبدالحسین رشتی، میرزا باقر زنجانی، بجنوردی و علامه محمد حسین کاش ف الغطاء شرکت کرد و د ر سال 1331 ش . مجدداً به تبریز مراجعت نمود. آیت الله قاضی در دوران مرجعیت و زعامت امام خمینی نماینده تام الاختیار ایشان بود.
با شروع نهضت اسلامی د ر سال 1341 ش . مبارزات او علیه رژیم پهلوی اوج گرفت . ابتدا در زندان قزل قلعه زندانی شد و سپس به شهرهای بافت، کرمان و زنجان تبعید گردید . همچنین مدت سه ماه به سبب فشارها و ضربات روحی و جسمی، در یکی از
بیمارستانهای تهر ان بستری شد . بعد از خارج شدن از بیمارستان به عراق تبعید شد و یک سال در آنجا ماند . پس از یک سال به ایران بازگشت و به هدایت مردم و تبلیغ اسلام پرداختند.
همچنانکه در تلاشهای علمی کوشا بودند، در مبارزات سیاسی نیز شرکت فعالانه داشتند . آن شهید بزرگوار دارای روحیه انقلابی و اراده ای خلل ناپذیر بودند و در پرونده قطوری که ساواک در مورد ایش ا ن تهیه کرده، این نکته مشهود است . شرکت علنی و بارز آن شهید در مبارزات سیاسی از سالهای 41 و 42 همزمان با آغاز نهضت اسلامی شروع می شود و ایشان یکی از رهبران و پایه های نهضت در آذربایجان بودند که در جریان همین مبارزات دستگیر و در زندان قزل قلعه تهران زندانی شد ند. آیت الله شهید قاضی به اتهام اینکه در خلال بحث پیرامون حکومت اسلامی و جنایات اسرائیل در یک سخنرانی علنی نام امام را به عظمت و عزت بر زبان آورد به مدت شش ماه به بافق کرمان تبعید شد . پس از آن به بهانه دیگری شش ماه، دیگر به زنجان تبعید شد . شهید قاضی در تبر یز تنها نماینده تام الاختیار حضرت امام خمینی بوده و نقش ایشان در شکل دادن به مبارزات مردم تبریز نیز شایان توجه است . بنابراین محور مبارزه در آذربایجان شرقی و مرکز مبارزات، مسجد شعبان بو د که شهید قاضی طباطبائی امامت آنجا را عهده دار بودند. شهید قاضی در مبارزه از همه جلوتر و فوق العاده محبوب و مورد احترام بودند و به همین دلیل دسایس دشمنان و منحرفین از اسلام علیه ایشان کارگر نمی ش د . نفوذ ایشان به حدی بود که اگر روزی را در آذربایجان تعطیل ا ع لام می کردند بدون شک آن روز همه جا بحال تعطیل در می آمد . آیت الله شهید قاضی جزو اولین کسانی بود که در آذربایجان اعلامیه خلع شاه از سلطنت را امضا کرد . ساواک با صرف بودجه های ویژه جریانات مخالف ایشان در تبریز را تقویت می کرد تا اثرات فعالیتهای ایشان را در زمینه سازی برای انقلاب خنثی کند .
در ماههای قبل از پیروزی انقلاب، رهبری جریانات حاد سیاسی، برپایی تظاهرات و تشکیل مجالس، همه بر عهده این شهید بزرگوار بود و ایشان اولین امضاء کننده اعلامیه 29 بهمن 56 در چهلم شهدای قم بود. مرحوم آیت الله شهید قاضی همیشه سد مستحکمی در مقابل خطوط انحرافی در جریانات ضد انقلابی بود و از اوان پیروزی انقلاب علیه جریانات منحرف و وابسته نظیر خلق مسلمان افشاگریهای لازم را می نمود و منحرفان با وجود ایشان قدرت و جرأت ابراز وجود پیدا نمی کردند . خدمات ایشان بعد از پیروزی انقلاب نیز شایسته ت وجه بسیار است .
مرحوم شهید قاضی طباطبایی بلافاصله بعداز پیروزی انقلاب از طرف امام به سمت امام جمعه تبریز منصوب شدند و اولین نماز جمعه را در این شهر بزرگ برپا کردن د . ایشان همچنین کمیته های انقلاب اسلامی آذربایجان شرقی و غربی را تشکیل دادند و نقش زیادی در را ه اندازی استانداریها، فرمانداریها و ادارات استان ایفا نمودند . مرحوم قاضی همچنین زحمات زیادی برای رسیدگی به محرومان و مستضعفین متحمل شدند.
شهادت آیت الله قاضی طباطبایی در دهم آبان 1358 مصادف با عید سعید قربا ن می باشد ، وقتی نماز عید را اقامه می کرد. وی در خطبة نماز گفت:
«مرا تهدید به قتل می کنند، من از شهادت نمی ترسم و آماده ام. از خدا می خواهم.»
در همان روز، مجاهد عظیم الشان آیت الله قاضی طباطبایی بعد از ادای فریضه نماز مغرب و عشاء و در حال مراجعت از مسجد به منزل مورد هجوم عوامل سرسپرده استکبار تحت نام گر وه فرقان قرار گرفته و شربت شهادت نوشید.
و مجاهدی دیگر از ذریه امیرالمومنین قدم به مسلخ عشق گذاشت و جان گرانمایه خود را که سالها در مجاهده و تلاش گذرانده بود، در پیشگاه حضرت حق در طبق اخلاص نهاد. و نامش به عنوان اولین شهید محراب در کنار نام شهدای انقلاب ا سلامی به ثبت رسید و گروهک فرقان مسئولیت این ترور را بر عهده گرفت.

آن شهید بزرگوار بدلیل تسلطی که به زبان عربی داشت مقالاتی به زبان عربی برای مجلات کش و رهای عربی نیز می نگاش ت. مقالات زیادی از ایشان در مجلات مصر چاپ شده است، مطالعات تبلیغاتی ایشان به تصریح دوستان و آشنایان کم نظیر و اطلاعات ادبی ایشان بسیار وسیع بو د. آثار قلمی با ارزشی از ایشان به یادگار مانده است که برخی از آنها ذیلا ذکر می گردد:
1. الاجتهاد و التقلید ( عربی، خطی)
2. الفوائد ( فقهی، تاریخی)
3. خاندان عبدالوهاب ( فارسی، خطی)
4. کتاب فی علم الکلام ( عربی، خطی)
5. فصل الخطاب فی تحقیق اهل الکتاب ( عربی، خطی)
6. السعاده فی الاهتمام علی الزیاره ( عربی، خطی)
7. اجوبه الشبهات الواهیه ( فارسی، خطی)
8. رساله فی اثبات وجود الامام فی کل زمان « ع » ( عربی، خطی)
9. سفرنامه بافت ( فارسی، خطی)
10. المباحث الاصولیه ( عربی، خطی)
11. حاشیه بر کتاب رسائل شیخ انصاری « ره »
12. حاشیه بر کتاب مکاسب شیخ انصاری « ره »
13. حاشیه بر کتاب کفایه الاصول آخوند خراسانی
14. تقریرات اصول آیت الله حجت کوه کمری
15. قضا در اسلام
16. صدقات امیرالمؤمنین و صدیقه طاهره « علیهماالسلام »
17. ذکر حدیقه الصالحین در ( الذریعه الی تصانیف الشیعه) شیخ آقا بزرگ تهرانی.
8. رساله در دلالت آیه تطهیر بر اهل بیت « علیه م السلام »
19. رساله در اوقات نماز
20. رساله در مباهله
21. رساله فی مساله الترتب
22. رساله در نماز جمعه
23. تعلیقات بر کتاب الفردوس الاعلی تألیف علامه شیخ محمد حسین کاشف الغطاء( عربی، مطبوع)
24. تحقیق درباره اربعین حضرت سی د الشهداء ( ع) ( فارسی، مطبوعات)
25. تعلیقات بر کتاب انوار نعمانیه تألیف سید نعم ت الله جزایری ( عربی، مطبوع)
26. مقدمه و تعلیق بر تفسیر جوامع الجامع طبرسی ( عربی، مطبوع)
27. تعلیقات بر کتاب اسلام صراط مستقیم ( فارسی، مطبوع)
28. تعلیقات بر کتاب کنزالعرفان ( عربی، خطی)
29. مقدمه بر کتاب صحائ ف الابرار کاشف الغطاء ( عربی، مطبوع)
30. آثار تاریخی آیت الله العظمی حکیم ( فارسی، مطبوع)
31. مقدمه بر تنقیح الاصول مرحوم حاج میرزاآقا، متوفی در شهریور
32. مقدمه بر کتاب مرآت الصلوه
33. پیشگفتار بر علم امام علامه طباطبایی
4. مقدمه بر کتاب معجزه و شرائط آن
35. مقدمه بر کتاب جن ه المأوی اثر کاشف الغطاء ( عربی، مطبوع)
36. پاورقی بر تعلیقات کتاب اللوامع الالهیه فی المباحث الکلامیه اثر جم ا ل الدین مقداد بن عبدالله الاسدی السیوری الحلی ( عربی، مطبوع)
37. اضافات و تعلیقات بر کتاب ( انیس الموحدی ن ) ملا محسن نراقی.
38. تحقق در ارث زن از دارائی شوهر ( فارسی، مطبوع)
39. علم امام علی علیه السلام ( فارسی، مطبوع)
40. مقدمه بر العقائد الوثنیه فی الدیانه النصرانیه ( عربی، مطبوع)
41. ترجمه مسائل قندهاریه از فارسی به عربی اثر کاشف الغطاء
42. مقدمه بر تاریخ ابن ابی الثلج بلخی ( عربی، خطی)
43. مقالات متعدد چاپ شده در مجلات عربی
44. مراسلات با مرحوم علامه کاشف الغطاء